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四川大学华西医院俞鹏团队在《Scientific Data》发表文章

​首次实现人类最完全的大规模剪接因子核糖核酸测序数据的分析

2020-6-24 11:09:53 作者:苏泽灏 四川科技报记者 廖梅 来源: 点击:1233次

近日,四川大学华西医院生物医学大数据中心俞鹏研究员以第一作者身份在国际知名期刊《Scientific Data》发表一篇名为《Integrated analysis of a compendium of RNA-Seq datasets for splicing factors》的封面文章。文中应用多种计算方法对收集到的75个独立研究中的56个剪接因子进行解析,找到了数个在雷特综合征(Rett syndrome)和冷刺激诱导产热(Cold-induced thermogenesis)生物过程中发挥重要作用的剪接因子,首次实现了迄今为止人类最完全的大规模剪接因子核糖核酸测序数据的分析,为更好地分析剪接因子在代谢疾病中发挥的作用奠定了基础。


剪接因子.jpg

剪接因子


文章作者集合了来自中国、美国、新加坡和澳大利亚四个国家的计算、生物、医学等领域的15位科学家。在前期的分析工作中,俞鹏团队通过对总数据量达6.6TB的数据进行RNA剪接特征分析、基因表达特征分析以及特征比较分析找到了数个在雷特综合征和冷刺激诱导产热生物过程中发挥关键作用的剪接因子,并进行了部分实验验证,证明剪接因子的正确性,如利用神经元形态学实验,证明冷诱导RNA结合蛋白(CIRBP)可以用于治疗雷特综合征;利用代谢流量分析证明SRSF1和PTBP1是脂肪细胞消耗能量所必需的剪接因子。下一步,俞鹏团队还将开展大量的实验工作来验证信息分析结果,进一步分析剪接因子在代谢疾病中发挥的作用。

据了解,俞鹏主要从事生物信息学及实验验证、生物医学信息学及药用植物的计算系统生物学等多领域的交叉研究,以主要参与者身份在国际顶级期刊《Cell》《Nature》《Science》上发表文章4篇,建立了包括小鼠剪接因子数据库在内的4个转录组学数据库。其中人与小鼠中与冷刺激诱导产热相关基因的数据库填补了基因本体(Gene Ontology,GO)在冷诱导产热这一生物过程的空白,得到了国际领域内的广泛认可。

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